望安鄉所轄島嶼多，有人居住的較大島嶼多為方山地形。望安島為呈切割方山狀地形，輪廓似一隻兔子站立狀，最高點在西岸，高53公尺。北部及東部海岸出入較大，北端凹下呈水垵海灣，其東西兩側，狀如兔耳。東側海岸有布袋港及潭門港二海灣，其東南有門仔邊半島向東南方伸長。全島周圍海崖不甚普遍，只有東北岸赤格子下有一帶，西岸天台山至中社間有30~40公尺之海崖。將軍澳嶼也是方山地形高29公尺，呈東北東-西南西延長。東吉與西側海岸的海灣與東海岸呈一地峽部，將全嶼分為南北兩國小方山狀地形，北部小方山最高點48公尺，南部小方山最高點39公尺。
西吉嶼為一傾動小方山狀島嶼，北高南低，北緣高度27公尺方面逐漸向南（微西）傾斜，於南緣附近沒入海中。東嶼坪為高度50-60公尺，呈東北-西南延長的方山。依東方的小谷而劃分為北山及南山。西嶼坪為四角形之山方狀小島，表面平坦高度40公尺。大貓嶼及小貓嶼都為不規則塊狀的島嶼，大貓嶼高約79公尺，是澎湖群島中的最高處。花嶼的地形，與澎湖群島其他大小島嶼之地形相似而為小方山狀島嶼，大致呈切割台地地形，大到高度為30-40公尺，最高點為51公尺。

1.  玄武岩
澎湖群島除了花嶼外，各島嶼都是由裂隙式火山噴發形成的玄武岩質與沉積岩夾層構成。初期的玄武岩質熔岩多屬於海底火山的噴出岩，具有水平板狀節理，並夾有數層含海相畫時的沉積岩層。而後陸續噴出的熔岩則具有顯著的柱狀節理。柱狀節理生成的原因，是湧出的玄武岩火山岩漿，由於快速的凝固，使玄武岩急劇的收縮，而產生了近六角形的龜裂。更由於表層岩漿先行凝固，底層稍晚，因此上、下之間又形成了破裂面，這就是一般常說的板狀節理。
2.  安山岩
花嶼的地質迥異於澎湖其他島嶼，主要是「中生代」的安山岩質熔岩，包括斑岩、石英斑岩及石英脈等組成。其岩石的生成年代較老，安山岩構成花嶼的大部分，石英斑岩則成為數公尺厚的岩脈，貫穿其中，然後再有石英脈侵入。安山岩成濃綠色，岩質堅固緻密，石英斑岩則大部份受到風化作用，變成黃灰色。石英不易受到風化，因此石英粒就殘留堆積在凹坡中，成為石英砂岩層。