殼灰岩是澎湖地區最特殊的沉積岩之一，在小門國小後山的堆積層最具代表性，厚達20餘公尺，顏色灰白，因風化影響而變成褐黃色或灰黃色。殼灰岩是石灰岩中的一種，石灰岩是由海中碳酸鹽的化學沉澱，或碳質的生物遺骸堆積，或兩者混合而成，多生成在淺海環境中。澎湖群島四面環海，珊瑚和貝殼的生成與沉積環境良好，因此殼灰岩多在島上海灘附近見到。

殼灰岩主要是由生物的介殼，及其遺骸堆積而成，其中混雜有石英粒或黏土。在生物碎片中以有孔蟲的微小外殼最常見，其膠結物均為細晶的方解石。殼灰岩由於年代新，岩石固結的效果並不很好，又因長期受地面雨水淋洗和溶解的影響，岩石中的孔隙度甚大，外表因受溶解常呈細小蜂窩狀的孔洞，極易辨認。