小門地質展示中心位於小門風景區入口處，於民國89年4月鳩工興建，民國90年4月完工。建物面積498平方公尺，在資源保育與開發建設平衡原則下，以因應遊憩活動需求及宣導環境教育永續理念。小門地質展示中心位於小門嶼上，小門嶼在西嶼的北端，雖然面積只有0.5121平方公里，但其地質地形景觀，卻是澎湖群島之縮影，有活的地質地形教室的稱呼，所以除了在展示中心內可以看見文字及圖片的解說，還可以繞著小門嶼一週，實地參觀各項自然與人文景觀。展示中心主要是以澎湖特有的地質地形為主題，並以小門嶼為區域，同時並展示各項岩石及礦物，此外，也介紹小門嶼的自然生態與人文景觀。展示中心內設有解說服務，包括預約導覽及假日導覽，可向向服務台諮詢。

小門地質展示中心內設有八個不同主題的展示區，分別是小門嶼導覽區、澎湖群島的地貌、小門嶼地景模型展示區、岩石展示區、小門嶼生態區、小門海洋生態區、小門人文區、標本展示區等。各區多以圖片及文字解說，或是實景的縮小模型，以及標本、岩石等實物，佈置的如同身臨其境一樣。