漁翁島燈塔於清朝乾隆43年（西元1778年），澎湖通判謝維祺奉台灣之府蔣元樞之命而興建，是台灣地區最早的一座石造燈塔，為中國傳統七級石塔；清道光8年（西元1828年）改建七級八角形石塔。光緒元年（西元1875年）重建為西式圓形鑄鐵造燈塔，燈具為四等透鏡燈，二蕊煤油白光燈，建有宿舍派人駐守。日據大正4年（西元1915年）改設高壓瓦斯白色明暗燈，日據昭和13年（西元1938年）改為煤油白熱燈；民國55年改裝為四等旋轉透鏡電燈，民國70年增設電霧號2座。

漁翁島燈塔位於外垵村高地上，視野相當遼闊，四周院牆以硓古石堆砌約高二台尺的圍牆，牆面塗飾白色油漆，塔區範圍仍是清同治11年間的界址，塔區基地近似長方形，東西長約50公尺，南北長約60公尺，面積約近0.3公頃。漁翁島燈塔與房舍的門面都朝南方，大致可分為清光緒元年改建的西式燈塔，及北側的房舍一棟、地下蓄水池等；日據及民國陸續興建四棟宿舍、電機室和倉庫等。塔區內另存有一方光緒古碑，已有破損，以及一方西元1880年所設立的洋人墓碑；塔區內尚有大、中、小型霧砲三尊，其中大、中型霧砲屬英製前膛鑄鐵砲，小型砲為德製七公尺五後膛砲。塔區也存有二座霧笛，當降霧到能見度不到一百公尺左右時就鳴放笛響，取代霧砲的功能。