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本鄉草本植物最常見的天人菊,為澎湖縣花;澎湖決明為本縣特有植物;香茹草是民間夏日退火消暑的藥草;俗稱「藥仔草」的台灣灰毛豆是民間傳統的毒魚草;五節芒為廟宇初一、十五廟宇犒軍儀式用的兵馬糧草。在濱海區常見的草本植物有仙人掌,作為防衛性植物;俗稱「海芙蓉」的台灣濱藜與蘆薈是民間藥草,兼具觀景價值;南面掛嶼、小白沙嶼的山豆根,險礁的濱剪刀股,小白沙嶼的濱大戟,鳥嶼、小白沙嶼的鳥嶼馬齒莧與通樑、岐頭、小白沙嶼的白花馬鞍藤為稀有植物。
木本植物最著名的是通樑古榕,樹齡已逾三百年,為白沙鄉寶;俗稱「粿葉樹」的黃槿,綠葉是年節蒸製龜粿糕點的枕墊;龍舌蘭為濱海重要的觀景植物;銀合歡為早期民間作為燃料使用,因生活形態改變,強勢覆沒了澎湖地景與廢耕地,近年來已利用捆束的銀合歡枝幹做為人工魚礁,復育成果卓越;木麻黃是日治時代最普遍的防風造林數種,與無葉檉柳外型酷似,兩者都是優質的防風樹;昔日以防護海岸著稱的紅樹林,在本鄉的中屯、三十人公廟海岸有復育植栽。
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