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澎湖群島四周海域的珊瑚礁生態系統,屬於印度─太平洋系統。因黑潮暖流的分支流經,對具有浮油幼蟲時期的珊瑚來說,黑潮顯然為影響珊瑚在台灣海峽分佈最主要的因素之一。白沙鄉員貝島東方海域以及鳥嶼南方海域,為黑潮支流流經之區域,因底質泥沙少,礁岩底質分佈寬廣,因此珊瑚礁較容易附著生長,是為澎湖群島珊瑚分佈最密集的區域。本鄉吉貝島西北方的海域內,有許多盤狀珊瑚群聚,盤狀珊瑚外形片狀並環捲如蓮花座,群體綿延生長寬達數十公尺,是為澎湖海域珊瑚的最大特徵;姑婆嶼東南海域以軟珊瑚礁群為主;通樑附近潮間帶以枝狀珊瑚為主;赤崁則以枝狀軸孔珊瑚為主;後寮潮間帶則分佈了許多團塊狀的網形角星珊瑚。
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