馬公市以玄武岩質的火山熔岩為主體，大部分的熔岩均在淺海至陸上噴出，以裂縫噴發的方式為主。各熔岩流可能連成一大片台地，如在桶盤嶼西側的海蝕平台上，有一個類似火山口之穹狀地，形如蓮花座。經由地殼運動而斷裂成多塊。島嶼呈現地表平坦，四週被陡峭海崖所圍繞的近似方山地形，四周是高大又陡峭的柱狀玄武岩地形。如在蛇頭山西側海上的四角嶼，或是南海上的虎井以及桶盤嶼，皆是典型的例子。

岩漿流出地表後，遇冷卻而成的岩石，稱火山岩。澎湖地區的熔岩流是屬火山岩中的玄武岩，是寧靜式的噴出，粘度較稀，流動性較大，大多為岩漿沿著地層的裂隙湧出地面，再依著地形向低處流動，經冷卻凝固後，形成熔岩台地。玄武岩的主要礦物有輝石、斜長石以及少量的橄欖石。依岩理可以分為緻密狀與多孔狀玄武岩，前者大多為深黑色，後者氣孔多，顏色變化大，文石便是成形在這種玄武岩裡。