民國七十七年四月研究規劃報告經行政院文建會審查通過，六月組成籌設指導委員會，所需經費分別由行政院文建會補助陸佰萬元，台灣省政府教育廳補助伍佰萬元，縣府自籌貳佰萬元，合計壹仟參佰萬元。

民國八十四年，縣立文化中心繼續籌措經費，除由澎湖縣政府編列參佰柒拾伍萬元預算支應外，並獲行政院文建會補助壹仟萬元，乃於八十四年十二月委託規劃，八十五年五月完成施工設計，十月進行工程發包由澎湖企業有限公司得標施作，八十六年三月竣工，四月十二日開館啟用。

本館第一期工程共分十三個單元，側重於燈片圖照解說，期參觀者瞭解澎湖海洋文化梗概。 第二、 三期工程計有十一個單元，強調實物實景，展現豐沛海洋資源，可謂環環相扣，前後呼應。本館能順利完工啟用，實為地方海洋專業人士攜手合作之集體創作。